B. Gajauskas gimė 1926 m. vasario 24 d. Vygrelių kaime (Gražiškių valsčius, Vilkaviškio apskritis). Vaikystėje ir jaunystėje gyveno Kaune. Jau nuo 1934 m. kartu su skautais prie Tautos patriarcho Jono Basanavičiaus paminklo Kaune minėdavo Vasario 16-ąją.

 

Balys Gajauskas

Nacistinės Vokietijos okupacijos metais platino lapelius su patriotinėmis mintimis, nukreiptomis prieš hitlerinius okupantus. SSRS okupavus Lietuvą, įsitraukė į antisovietinių pogrindininkų gretas: dalyvavo Kauno pogrindinėje antiokupacinėje organizacijoje, užmezgė ryšius su Tauro partizanų apygardos kovotojais, platino partizanų spaudą. 1948 m. už priklausymą pogrindinei antisovietinei organizacijai sovietų represinių struktūrų buvo suimtas. Suimant priešinosi ir nušovė jį bandžiusį suimti sovietų saugumietį. Už tai 1948 m. gegužės 3 d. Karo tribunolo nuteistas kalėti 25 metus. 1949-1956 m. kalintas Balchašo ir Džeskazgano lageriuose, 1956-1973 m. - Mordovijos lageryje. Sunkiai dirbo molibdeno kasyklose, o Džeskazgane - lagerio vario kasykloje. Atlikęs visą skirtą bausmę, 1973 m. buvo paleistas be teisės gyventi Lietuvoje, tačiau, nepaisydamas draudimo, Kaliningrade pavykus gauti pasą, grįžo į Kauną ir 1973-1977 m. dirbo Kauno 5-ojoje elektros montavimo valdyboje. Toliau tęsė pogrindinę veiklą: vertė Aleksandro Solženicyno „Gulago archipelagą", sudarė lietuvių politinių kalinių sąrašą ir rinko partizaninio judėjimo dokumentus.
1977 m. balandžio 20 d. sovietų represinių struktūrų suimtas. Per kratą rasti A. Solženicyno knygos „Gulago archipelagas" vertimo į lietuvių kalbą juodraščiai, užrašai apie sovietinių politinių kalinių padėtį, dokumentai ir tekstai apie žmogaus teisių pažeidimus SSRS. Tuometinis teismas skyrė jam dešimt metų lagerio ir penkerius metus tremties.
1978-1980 m. kalintas Mordovijos lageryje, 1980-1987 m. - Kučino (Permės sr.) ypatingojo režimo lageryje. Kalėdamas ypatingojo režimo lageryje rašė publicistinius straipsnius, pasirašydamas savo pavarde su nuoroda, kur parašyta ir kada, kuriuos žmona Irena po pasimatymų lageryje išnešdavo ir juos perduodavo per Rusijos, Ukrainos disidentus užsienio spaudai. Sovietų struktūroms tai išsiaiškinus, pasimatymai buvo nutraukti. Po lagerio buvo paskirti dar 2 metai tremties Čiumikane (Chabarovsko sritis).
Prasidėjus Sąjūdžiui ir reikalaujant grąžinti politinius kalinius, 1989 metais buvo paleistas iš tremties.
Kalėdamas dalyvavo politinių kalinių akcijose, paremdamas likimo draugų pasipriešinimą lagerio administratorių savivalei. Jau būdamas kalėjime, 1978 m. simboliškai įstojo į Lietuvos Helsinkio grupę.
1979 m. Europos saugumo ir bendradarbiavimo JAV kongreso komisija kartu su kitais disidentais pasiūlė B. Gajauską kandidatu Nobelio taikos premijai.
1981 m. Hjustone (JAV) B. Gajauskui paskirta tarptautinė Taikos ir laisvės premija. 1989 m. Baltų laisvės lygos apdovanotas Laisvės medaliu už kovą išlaisvinant Estiją, Latviją, Lietuvą. 1989 m. gyveno Los Andžele (JAV). 
Grįžęs įsijungė į Atgimimo veiklą, dalyvavo politiniame gyvenime. Įsikūrus Politinių kalinių ir tremtinių sąjungai, išrinktas valdybos ir tarybos nariu, o 1989-aisiais - sąjungos prezidentu.
1990 m. vasario 24 d. rinkimuose į LTSR Aukščiausiąją Tarybą (nuo 1990 m. kovo 11 d. 18 val. - Aukščiausioji Taryba) išrinktas deputatu Plungės rinkimų apygardoje.
1990 m. kovo 11 d. balsavo už Lietuvos Nepriklausomybės atkūrimą.
„Lietuva, praradusi Nepriklausomybę 1940 metais, tuoj pradėjo kovą dėl laisvės. Prasidėjo ilgas ir skausmingas tautos kelias, kuriuo ėjome 50 metų. Kiekvieni tiek bolševikinės, tiek hitlerinės okupacijos metai buvo kruvini. Tačiau laisvės troškimas negeso, o silpnėjant bolševikinei imperijai jis didėjo. Daliai tautos į laisvę teko eiti per trėmimus, kalėjimus, konclagerius. Tuo keliu aš ėjau 37 metus. Ėjau, kol 1990 metais kovo 11-ąją buvo perskaityti Vilniuje, Aukščiausiojoje Taryboje Lietuvos valstybės atstatymo akto žodžiai: „... nuo šiol Lietuva yra nepriklausoma valstybė" ir iškilo mūsų Seime Lietuvos valstybės herbas, mano gyvenimo ir kovos tikslas buvo pasiektas", - rašė B. Gajauskas.
Nuo 1990 m. kovo 20 d. iki 1992 m. lapkričio 22 d. - Aukščiausiosios Tarybos Krašto apsaugos ir vidaus reikalų komisijos narys. Nuo 1991 m. gegužės 8 d. iki 1992 m. lapkričio 22 d. priklausė Jungtinei Sąjūdžio frakcijai.
Nuo 1992 m. lapkričio 25 d. iki 1996 m. lapkričio 25 d. - VI Seimo narys, Nacionalinio saugumo komiteto narys, Seimo komisijos KGB veiklai tirti pirmininkas, politinių kalinių ir tremtinių „Laisvės" frakcijos pirmininkas.
1992 m. gegužės-rugpjūčio mėnesiais - Lietuvos Respublikos nacionalinio saugumo tarnybos - Lietuvos Respublikos saugumo tarnybos generalinis direktorius.
1996 m. ir 2004 m. dalyvavo Seimo rinkimuose.
1989-1997 m. - Lietuvos politinių kalinių ir tremtinių sąjungos prezidentas. 1999-2000 m. - Tarptautinės buvusių politinių kalinių ir represuotųjų asociacijos prezidiumo narys. Lietuvos politinių kalinių valdybos ir tarybos narys.
Nuo 1996 m. priklausė Permės gubernijos politinių represijų ir totalitarizmo istorijos memorialinio muziejaus tarybai.
2008 m. išleido knygą „Pro spygliuotas vielas matau dangų", 2012 m. - „Gulago saulėlydis". Yra paskelbęs straipsnių politikos klausimais Lietuvos ir užsienio spaudoje.
B. Gajauskas buvo apdovanotas valstybiniais apdovanojimais: Lietuvos Nepriklausomybės medaliu (2000), Vyčio Kryžiaus ordino Komandoro didžiuoju kryžiumi (2005).

„Lietuvos aido“ kolektyvas reiškia nuoširdžią užuojautą velionio šeimai ir artimiesiems.